当寺は、弘仁年間弘法大師による御開基であります。大師が御入唐され青龍寺恵果和上より真言の秘法を悉く伝授され、その後継者として真言第八祖となられ、その報恩の為一宇を建立しようとの御誓願を発せられ、有縁の勝地を求め唐から独鈷杵を投げられたところ独鈷杵は忽ち紫雲に包まれ東方に飛び去りました。御帰国後四国巡錫の砌り当地山上の老松に独鈷杵の留まっているのをご覧になりそこに一寺を建立し恩師を偲ばれ寺名を青龍寺と名づけ独鈷杵飛留にちなみ山号を独鈷山としました。

　御本尊は大師御入唐の際大暴風雨にあわれた時、風波を切り静めた波切不動尊であります。海で働く人々の信仰が特に深い。近海はもとより遠洋漁業に出港する船の出る前には、乗組員一同が祈願に来ます。